Học Viện Kỹ Thuật Mật Mã, tiền thân là trường Cán bộ Cơ yếu Trung ương (15-4-1976), Trường Đại học kỹ thuật Mật mã (05-6-1985) và Viện Nghiên cứu khoa học kỹ thuật Mật mã (17-02-1980), được thành lập ngày 17-02-1995 trên cơ sở sáp nhập Trường Đại học Kỹ thuật Mật mã và Viện Nghiên cứu khoa học kỹ thuật Mật mã.Học Viện Kỹ thuật Mật mã là trung tâm duy nhất của Việt Nam có chức năng đào tạo cán bộ có trình độ đại học, sau đại học và nghiên cứu khoa học kỹ thuật mật mã của ngành Cơ yếu Việt Nam. Học viện còn đào tạo bồi dưỡng đội ngũ cán bộ cơ yếu, sỹ quan chỉ huy kỹ thuật mật mã; tham gia xây dựng phương hướng phát triển khoa học kỹ thuật mật mã phục vụ yêu cầu phát triển của ngành Cơ yếu Việt Nam tiến lên chính quy và từng bước hiện đại, đáp ứng yêu cầu phục vụ lãnh đạo, chỉ huy của Đảng, Nhà nước và các lực lượng vũ trang được an toàn, bí mật, nhanh chóng và chính xác. Học viện đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Ban Cơ yếu Chính phủ.Trải qua 27 năm xây dựng và phát triển, Học viện đã hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, lập được nhiều thành tích xuất sắc trong công tác nghiên cứu khoa học, đào tạo và xây dựng đơn vị.Học viện đã tiến hành thành công trên 80 khóa đào tạo và bồi dưỡng (cả ngắn hạn và dài hạn), cung cấp nhiều cán bộ nhân viên cho toàn ngành Cơ yếu Việt Nam. Từ năm 1980 Học viện nhận nhiệm vụ đào tạo bồi dưỡng cho cán bộ, sỹ quan cơ yếu cho nhà nước Lào và Campuchia theo hiệp ước hữu nghị và hợp tác giữa 3 nước. Học viện đã đào tạo 29 khóa, lớp cho Bạn. Học viên ra trường về nước công tác đều hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao. Có những học viên tốt nghiệp đã trưởng thành giữ những cương vị chủ chốt trong Ngành Cơ yếu của Lào và Campuchia.Thực hiện gắn kết chặt chẽ giữa đào tạo, nghiên cứu, Học viện đảm nhận phần lớn các đề tài trọng điểm của ngành Cơ yếu Việt Nam.Học viện đã được hội đồng Nhà nước tặng thưởng nhiều Huận chương cao quý...

Từ năm 2004, Học Viện đã thành lập khoa An Toàn Thông Tin và tiến hành tuyển sinh đào tạo kỹ sư chính quy chuyên ngành an toàn thông tin hàng năm. Học Viện là trường đại học đầu tiên ở Việt Nam đào tạo chính quy chuyên nghành này. Giáo trình ATTT được xây dựng dựa trên những giáo trình đào tạo công nghệ thông tin của các trường đại học hàng đầu Việt Nam và đúc rút một số kiến thức từ nước ngoài. Các phòng thí nghiệm được trang bị đầy đủ các thiết bị an toàn tạo điều kiện tốt nhất cho sinh viên phát triển. Mỗi năm trường tuyển 250 sinh viên ATTT và có chương trình đào tạo kéo dài 5 năm cho cả giai đoạn đại cương và giai đoạn chuyên ngành.